В апреле 2015 года суд Москвы признал экс-сенатора и банкира Пугачёва и ещё троих топ-менеджеров разорившегося в 2010 году Межпромбанка (МПБ) виновными в совершении действий, приведших к банкротству кредитной организации. В частности, в выдаче заведомо невозвратных кредитов и выводе ликвидных активов. Суд по заявлению АСВ обязал Пугачёва выплатить 75,6 млрд руб., в том числе около 68,5 млрд солидарно с предправления банка Мариной Илларионовой и около 7,2 млрд – солидарно с двумя другими экс-предправления Александром Диденко и Алексеем Злобиным.
Пугачев в июле 2017 года подал заявление о пересмотре дела по вновь открывшимся обстоятельствам. Таковыми экс-сенатор считает подтверждённый судами вывод о том, что с 2012 года его дело рассматривалось судьёй единолично, хотя должно было рассматриваться коллегиальным составом. Также один судья рассматривал заявление АСВ о привлечении к субсидиарной ответственности.
Арбитраж в октябре того же года отказал Пугачёву, указав, что определение о незаконном составе было вынесено в рамках обособленного спора о продлении процедуры конкурсного производства и не затрагивает вопрос законности состава суда при рассмотрении заявления о привлечении к субсидиарной ответственности. Апелляция и кассация согласились с выводами первой инстанции.
Межпромбанк был признан банкротом в 2010 году. По информации АСВ, размер задолженности банка перед кредиторами на конец 2017 года составлял 82,7 млрд руб., за время конкурсного производства кредиторам было выплачено около 2 млрд.